Фамилия Байжаркенова происходит из казахской или тюркской языковой среды и образована по модели, типичной для русской адаптации фамилий народов Центральной Азии. Основа «Байжаркен» (или «Байжаркен-») состоит из двух частей: «бай» (в тюркских языках — «богатый», «господин», «уважаемый человек») и «жаркен» (или «жаркын» — «светлый», «сияющий», «ясный»). В целом имя-прозвище можно перевести как «сияющий господин» или «светлый богач». Суффикс «-ова» в конце фамилии — не тюркский, а русский: так в Российской империи оформляли фамилии для женщин (по отчеству или фамилии мужа). Мужской вариант — Байжаркенов.

Если смотреть на словообразовательную модель, фамилия Байжаркенова стоит особняком: в русском ономастиконе редки фамилии с сочетанием «-жаркен-». Это указывает на конкретный род или местность, где имя Байжаркен (или Байжаркын) дали предку за его достаток, внешность или характер. Никакого отношения к славянским корням или европейским заимствованиям здесь нет — фамилия целиком восходит к казахскому антропонимикону.

Географически фамилия Байжаркенова распространена в Казахстане и среди казахской диаспоры в России (особенно в Оренбургской, Астраханской областях). Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: возможно, предки носителя были из одного аула или рода, где имя Байжаркен передавалось как родовое прозвание.

Споров о значении основы почти нет: «бай» — один из самых частых компонентов в тюркских фамилиях (сравните Баймуратов, Байгазиев), а «жаркен» — более редкий, но прозрачный корень. Единственная альтернативная версия — связь с топонимом (названием местности), но для этого нет надёжных данных. Правдоподобнее считать, что фамилия возникла от личного имени или прозвища, а не от географического названия.

Социальный контекст: носители фамилии Байжаркенова в XIX — начале XX века могли быть из зажиточных скотоводов или торговцев (раз уж в основе «бай»). Однако фамилия не указывает на аристократическое происхождение — в казахской среде «бай» было скорее почётным обращением, а не титулом.