Фамилия Бажаткова — женская форма фамилии Бажатков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Скорее всего, в основе лежит слово «бажа́т» или «бажа́тый» — в южнорусских и украинских говорах так называли любимого, желанного человека, иногда — незаконнорождённого сына, которого «бажали», то есть желали. Корень «баж-» родствен словам «бажать» (сильно хотеть, желать) и «бажба» (страстное желание). Прозвище Бажа́т или Бажа́тый мог получить долгожданный ребёнок, а со временем оно закрепилось как фамилия.

Суффикс -ов- в фамилии Бажатков типичен для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ на твёрдую согласную: Бажат → Бажатов → Бажатков. Форма на -к- (-ков) могла возникнуть из-за того, что исходное прозвище звучало как Бажаток (с уменьшительным суффиксом), а фамилия по отцу записывалась как Бажатков. Встречается и вариант Бажаткин, где суффикс -ин указывает на принадлежность «сын Бажатки».

Географически фамилия Бажатковы тяготеют к югу России — Воронежской, Курской, Ростовской областям, а также к украинским землям, где слово «бажаний» (желанный) в ходу до сих пор. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: носители, скорее всего, потомки одной крестьянской семьи из чернозёмной полосы.

Интересная деталь: в некоторых говорах «бажат» означало не только «желанный», но и «хозяин», «кормилец» (от «бажать» в смысле «заботиться»). Поэтому не исключено, что прозвище дали не ребёнку, а взрослому — рачительному мужику, который «бажал» о доме. Но первая версия (долгожданный сын) более распространена в ономастике и подтверждается параллелями с фамилиями Бажанов, Бажин, Баженин — все они от того же корня.