Фамилия Бекернек — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось, перейдя в фамилию. Она сложена из двух немецких корней: «Bäcker» — пекарь, булочник, и «Neck» — старое обозначение шеи или затылка. Скорее всего, это прозвище, которое дали человеку с приметной, длинной или толстой шеей, при этом он по ремеслу был пекарем. Либо, что тоже вероятно, прозвище построено по модели «профессия + внешность»: «пекарь с такой-то шеей», и со временем оно закрепилось как фамилия.

Фамилия явно немецкая по происхождению, и её бытование в России связано с волнами переселения немцев в XVIII–XIX веках, прежде всего в Поволжье, Причерноморье и на Волынь. Там немецкие колонисты нередко получали или сами брали фамилии по профессиональным и внешним признакам. Бекернек — не переосмысленная на русский лад, а сохранённая в оригинальном написании, что указывает на относительно позднюю фиксацию и компактное проживание носителей. Суффиксальной русской обработки (вроде -ов, -ин) в ней нет, поэтому определить сословную принадлежность предков только по форме невозможно: среди немецких колонистов были и крестьяне, и ремесленники, и городские жители.

Встречаются варианты написания: Бекернекк, Бекернек, Bäckernack. Двойное «к» на конце — следствие немецкого правописания, но в русской транскрипции оно часто упрощается. Если искать аналоги среди однокоренных фамилий, то это Беккер (тот же пекарь), Неккерман (человек с приметной шеей) или сложносоставные вроде Беккер-Нек. Однако Бекернек уникальна именно сращением двух разных признаков — занятия и внешности, что встречается нечасто. В современных российских справочниках фамилия не относится к массовым, и её носители, скорее всего, сосредоточены в регионах бывших немецких колоний: Саратовская, Самарская области, а также в Омском Прииртышье, куда немцев депортировали в XX веке.