Фамилия Бекмухамбетова образована от мужского тюркского имени Бекмухамбет, которое представляет собой типичную для исламского мира двусоставную конструкцию. Первый компонент «бек» (в тюркских языках — «господин», «князь», «владыка») указывал на знатное происхождение или высокий статус. Вторая часть восходит к диалектному варианту имени Мухаммет (араб. «восхваляемый, прославляемый») — Мухамбет. Таким образом, имя Бекмухамбет буквально означает «господин, подобный Мухаммеду» или «князь, восхваляемый», что подчеркивало религиозный авторитет и уважение к носителю.

Фамилия закрепилась по патронимической модели: потомка человека по имени Бекмухамбет стали называть Бекмухамбетовым, а его дочь или жену — Бекмухамбетовой. Такая схема образования фамилий с помощью суффикса -ов/-ев характерна для русской и многих тюркских ономастических традиций, где имя отца становилось основой для родового прозвания.

Географически фамилия Бекмухамбетова распространена прежде всего среди казахов и других тюркоязычных народов Центральной Азии. Встречается она и в России — в регионах с компактным проживанием казахского населения (Астраханская, Оренбургская, Омская области). Процесс формирования фамилий у этих народов был достаточно длительным и завершился в основном в XIX–XX веках, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бекмухамбетовых можно лишь на основании генеалогических исследований конкретных семейных линий.

Отдельного внимания заслуживает написание фамилии. Вариант «Бекмухамбетова» с буквой «а» во втором слоге (вместо привычного «Мухаммед») — это не ошибка, а отражение реального произношения в казахском и некоторых других тюркских языках, где имя пророка звучит как «Мұхаммед» или «Мұхамбет». Такая фонетическая адаптация — характерная черта народной этимологии, когда заимствованное имя подстраивается под звуковой строй родного языка.