Фамилия Бекмухамбетовы (в мужском роде — Бекмухамбетов) образована от сложного тюркского имени Бекмухамбет. Первая часть имени, «бек», означает «господин», «князь», «предводитель» — титул, который в тюркской среде указывал на знатное происхождение или высокое положение. Вторая часть — это диалектный вариант имени Мухаммет (араб. «восхваляемый, прославляемый»). Таким образом, имя Бекмухамбет можно перевести как «князь Мухаммет» или «господин, подобный Мухаммеду», что подчеркивало и знатность, и религиозную принадлежность носителя.

Фамилия относится к распространенному типу восточных фамилий, корни которых уходят в тюркскую среду. Исторически такие имена и фамилии бытовали у народов, испытавших влияние Золотой Орды, — от татар и башкир до казахов и ногайцев. В русскую культуру фамилия попала через служилых людей и дворянские роды тюркского происхождения, которые в XV–XVII веках переходили на службу к московским князьям. Многие нерусские по происхождению дворяне в России сохраняли свои родовые имена, которые позже оформлялись по русской модели с суффиксом -ов.

Суффикс -ов в фамилии Бекмухамбетов — стандартный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность («сын Бекмухамбета»). Сама фамилия — замечательный памятник восточной письменности и культуры, сохранивший в себе элементы тюркской титулатуры и арабского религиозного имени. Встречается преимущественно у народов Поволжья, Урала и Казахстана, а также в среде потомков татарской аристократии, влившейся в состав российского дворянства.