Фамилия Бекмухамедов образована от составного мусульманского имени Бекмухамед. В основе лежат два компонента: тюркский титул «бек» (князь, повелитель, господин) и арабское имя Мухаммед, которое переводится как «прославляемый» или «восхваляемый». Соединение этих частей давало имя, которое можно истолковать как «господин, подобный Мухаммеду» или «князь, прославляющий Мухаммеда».

Словообразовательная модель типична для тюрко-мусульманских фамилий: к полному имени Бекмухамед прибавили русский патронимический суффикс -ов. Такой способ оформления фамилий был характерен для народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии после вхождения их территорий в состав Российской империи. Фамилия Бекмухамедов не указывает напрямую на сословие: носители могли быть потомками как знатных родов (где титул «бек» передавался по наследству), так и людей, получивших имя в честь религиозного авторитета. Встречаются варианты написания — Бекмухамедов, а также Бекмухаммедов (с удвоенной «м»), что отражает разную передачу арабской буквы в русской графике. В отличие от более простых фамилий вроде Беков, здесь сложная двухкорневая основа, что делает её ценной для изучения — она одновременно фиксирует и социальный статус (бек), и религиозную традицию (Мухаммед).