Фамилия Бекмуллин — один из тех случаев, когда морфология почти прозрачна, а корень уводит вглубь тюркской ономастики. Чтобы понять её смысл, достаточно разбить слово на части: Бек-мулл-ин. Основа здесь — «мулла», а не «мул», как можно было бы подумать по случайному созвучию. Мулла — это духовное лицо у мусульман, знаток Корана, часто учитель или судья. Первая часть «бек» в тюркских языках означает «господин», «князь», «предводитель». Соединяясь, «Бекмулла» — это либо «господин мулла», либо, что вероятнее, имя-пожелание, составленное по модели «бек + религиозный титул»: «князь-мулла» или «мулла-господин». Такие двухосновные имена были распространены у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или согласный. В данном случае исходное личное имя Бекмулла (или Бекмулли) дало форму «Бекмуллин» — то есть «сын Бекмуллы». Фамилия не дворянская, не княжеская, несмотря на компонент «бек»: в народной среде такие имена давали не по реальному социальному статусу, а как пожелание силы, ума или благочестия.

Географически фамилия Бекмуллин почти наверняка привязана к регионам расселения волго-уральских татар и башкир. Встречается она в Татарстане, Башкортостане, в Оренбургской и Челябинской областях. Это не случайно: именно в этих краях составные имена с «бек» и «мулла» были обычны ещё в XIX веке. В метрических книгах и ревизских сказках можно найти носителей с именем Бекмулла, от которого фамилия и пошла.

Редкость фамилии — в её словообразовании. Модель «Бек + религиозный титул» встречается реже, чем «Бек + личное имя» (вроде Бекбулатов, Бекмирзаев). «Мулла» в основе фамилии — маркер того, что предок был либо сам муллой, либо его отцом, либо просто носил имя, подчёркивающее связь с исламским образованием. В любом случае, Бекмуллины — потомки человека, которого окружающие называли «господин мулла» или «бек-мулла», что в крестьянской и духовной среде звучало как уважительное прозвище, а потом закрепилось в фамилии.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Муллабаев, Муллагалиев, Бекмухаметов. Но Бекмуллин стоит особняком: здесь нет второго компонента «бай» или «гали», только «мулла», что делает фамилию более «профессиональной» по звучанию. Споров о происхождении почти нет — тюркская основа и русский суффикс очевидны, и альтернативные версии (например, от персидского «бек» и арабского «мулла») лишь подтверждают ту же картину, не меняя сути.