Фамилия Бекшенеков — редкий пример, где исходное слово почти не изменилось при переходе в фамилию, а суффикс -ов указывает на прямую патронимическую связь: «чей?» — Бекшенеков, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Бекшенек.

Основа фамилии — тюркское составное имя Бекшенек. Первая часть «бек» (или «бий») в тюркских языках означает «господин», «князь», «владыка». Вторая часть — «шенек» — имеет несколько возможных значений. В казахском и киргизском языках «шенек» — это «ведро» или «кожаное ведро для воды». В других тюркских наречиях «шенек» может означать «подарок», «дань» или даже «охапка сена». Таким образом, Бекшенек — это либо «князь-ведро» (прозвище, данное за какую-то бытовую особенность или профессию), либо «господин подарка» (имя-пожелание, чтобы ребенок был щедрым, как подарок).

Самая правдоподобная версия — прозвище по ремеслу. Если предок носил прозвище Бекшенек (Бек-Ведро), он мог быть кожевником, изготовителем кожаной посуды или водоносом, обслуживающим знатного человека. В кочевых тюркских обществах кожаные ведра (шенек) были ценным и необходимым предметом быта, и мастера по их изготовлению пользовались уважением.

Географически фамилия тяготеет к северному Казахстану и приграничным районам России (Оренбургская, Челябинская области), а также встречается у казахов и киргизов. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Бекшене́ков, что типично для тюркских фамилий, русифицированных суффиксом -ов.

Суффикс -ов, а не -ев, говорит о том, что основа оканчивается на твердый согласный (к). Интересно, что фамилия сохранила полную форму исходного имени без усечения — мы видим не «Бекшенков» (что было бы логично при быстром произношении), а полное «Бекшенеков». Это указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах, когда имя уже устоялось как фамильное прозвище, и его не «съела» устная речь.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Бекшенеков стоит в одном ряду с Бекмурзиным, Бексултановым, Бекназаровым — все они образованы от тюркских имен с компонентом «бек». Однако именно вторая часть «шенек» делает эту фамилию уникальной: она отсылает не к абстрактному качеству или титулу, а к конкретному предмету или действию, что выдает в предке человека с практической, ремесленной профессией.