Фамилия Бекшенев образована от имени Бекшен, которое состоит из двух компонентов. Первая часть имени восходит к тюркскому слову «бек» - «хозяин; господин». Вторая часть - «шен» - представляет собой уменьшительный суффикс, характерный для имен сибирских татар. Таким образом, имя Бекшен буквально означает «маленький господин». Так, в Книге памяти Тюменской области записан специалист по пушнине Бекшенев Мухамет Зия из села Березово, который родился в 1890 году в Тобольске.