Фамилия Бекшенов — один из тех случаев, когда корень не бросается в глаза, а суффикс подсказывает географию. Основа здесь — «Бекшен», а не «Бекш» или «Бек». Суффикс -ов указывает на русскую модель образования от отчества или прозвища, но сама основа явно тюркского происхождения.

Скорее всего, в основе лежит имя Бекшен. Оно составное: «бек» (в тюркских языках — господин, князь, начальник) и «шен» (от персидского «шан» — достоинство, величие, или же от тюркского «шен» — радость, веселье). Таким образом, Бекшен можно перевести как «сияющий бек», «бек с достоинством» или «веселый господин». Встречается также вариант, где вторая часть восходит к арабскому «шан» — положение, статус. Имя было распространено у башкир, татар, казахов.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем от диалектного слова «бекша» — так в некоторых говорах называли бекаса (птицу) или человека с длинным носом, похожим на клюв. Но для фамилии Бекшенов эта версия слаба, потому что суффикс -ен- в основе нехарактерен для русских прозвищ от названий птиц (обычно было бы Бекшов или Бекшин).

Географически фамилия Бекшенов встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — регионах, где веками жили башкиры и татары, принимавшие православие и получавшие русские фамилии по отцу. Интересно, что в некоторых документах XIX века встречается написание «Бикшенов» — через «и» в первом слоге, что подтверждает тюркскую огласовку «бик» (усилительная частица, «очень») вместо «бек». То есть Бикшен — «очень славный», что тоже логично для личного имени.

Таким образом, предки современных Бекшеновых с высокой вероятностью носили имя Бекшен (или Бикшен) и были выходцами из тюркоязычной среды Поволжья или Южного Урала. Фамилия не дворянская, а крестьянская или казачья — в ревизских сказках Оренбургской губернии Бекшеновы числятся среди государственных крестьян и отставных казаков.