Фамилия Бакшенев — классический пример отчества, образованного от прозвища или имени с помощью суффикса -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Бакшен. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — сын Бакшена.

Корень фамилии — «бакш-» — скорее всего, тюркского происхождения. В тюркских языках слово «бакша» (или «бакши») имело несколько значений, но самое известное — «писарь», «писец», «учитель», а также «шаман» или «знахарь». В русских говорах и документах XVI–XVII веков слово «бакшей» фиксировалось как прозвище для человека грамотного, умеющего писать, или же для пришлого человека из татарской или башкирской среды. Таким образом, Бакшен — это, вероятно, уменьшительная или обиходная форма от «Бакша» или «Бакшей».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «бакшить» (говорить пустое, болтать, или же, в некоторых областях, плакать навзрыд). В этом случае прозвище Бакша или Бакшен мог получить говорливый или капризный человек. Однако тюркская версия выглядит более убедительной, так как фамилия встречается в регионах, где исторически было сильное тюркское влияние — в Поволжье, Приуралье, на юге России.

Фамилия Бакшенев — довольно редкая. Её можно встретить в архивных записях по Пензенской, Саратовской и Самарской губерниям, что подтверждает связь с территорией бывшего Казанского ханства и зоной расселения служилых татар и мордвы. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или однодворцев, но первоначально прозвище мог получить грамотный человек — писарь или переписчик, что в те времена было заметным социальным признаком.