Фамилия Бакшеев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Бакша. Фамилия Бакшеев образована от прозвища Бакша. По одной из версий, оно имеет тюркское происхождение и восходит к слову bahshish, которое переводится на русский язык как «чаевые». Очевидно, человек по прозвищу Бахша был довольно щедрым. Возможно также, что это прозвище ведет свое начало от слова bakish — «взгляд, взор». В таком случае прозвище указывало на особенности внешности человека (большие глаза, острый взгляд и т.д.). Не исключено, что прозвище связано со словом «бакша», которое означает «род настоятеля, старшины в сожитии калмыцких гелюнгов, жрецов». Другое значение этого существительного — «киргизский шаман, фигляр и гадатель, колдун и лекарь, который гадает большей частью по трещинам сожженных бараньих костей».