Фамилия Бакшеева происходит от прозвища Бакшей, которое в тюркских языках означало «писец, владеющий уйгурским алфавитом» или «буддийский монах». Однако у разных народов это слово обросло дополнительными смыслами: у народов Средней Азии Бакшеем называли певца, сказителя и поэта, а у калмыков и некоторых других тюркских групп с шаманским культом — знахаря, колдуна или старого жреца. Так что предок современного носителя фамилии мог быть как грамотным чиновником или монахом, так и музыкантом или даже шаманом.

Само слово «бахши» (в русской передаче «бакшей») пришло в тюркские языки из китайского, где «боши» означало «учёный муж», «наставник». Это делает фамилию не просто тюркской по происхождению, но и связанной с древними культурными контактами Востока.

Фамилия Бакшеева — женская форма от Бакшеев, и образована она по стандартной русской модели с суффиксом -ев (в мужском варианте) и окончанием -а (в женском). Суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «дочь Бакшея».

Прозвище Бакшей и фамилия Бакшеев фиксируются в русских документах начиная с XV века. В работах историка С. Б. Веселовского упоминаются: Василий Бакшей (середина XV века, Старица), Бакшей Степанович Лазарев (1473 год, Звенигород), крестьянин Бакшейко (1545 год, Новгород), а также Никита Бакшеев, вотчинник начала XV века из Радонежа. В XVI–XVII веках Бакшеевы отмечены в Рязани и Новгороде.

Известен русский дворянский род Бакшеевых (также в старых записях — Бокшеевых), который восходит ко второй половине XVI века. Его представители владели поместьями в Рязанской области и в Белёвском уезде. Этот род записан в VI часть родословной книги Рязанской губернии — то есть в число древнего дворянства. Другие ветви Бакшеевых, хоть и не смогли представить достаточных доказательств для той же части, также считаются древними и записаны во 2-ю и 3-ю части родословных книг.

Так что фамилия Бакшеева — не просто красивая тюркская основа, а маркер долгой истории: от среднеазиатских писцов и шаманов до русского служилого дворянства.