Фамилия Бектышев — редкий случай, когда географический и языковой анализ почти сразу даёт ключ к разгадке, а не множит догадки. В основе фамилии лежит не славянское прозвище, а тюркское личное имя Бектыш. Это имя составное: первая часть «бек» (вождь, господин, князь), вторая — «тыш» или «дыш», что в разных тюркских наречиях может означать «внешний», «наружный» или же «ровня», «товарищ». Таким образом, Бектыш — это «внешний бек», то есть приближённый князя, но не из его рода, или же «бек-ровня», что подчёркивало высокий статус человека.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к тюркскому имени добавили суффикс -ев, который встал после основы на шипящий «ш». Это типичная история для русских фамилий тюркского происхождения: имя отца (Бектыш) превратилось в фамилию сына («чей?» — Бектышев). Модель простая и прозрачная, без редких суффиксов.

География фамилии — ключевая деталь. Бектышевы исторически крепко привязаны к Поволжью, особенно к Казанской и Симбирской губерниям. В этих местах издавна жили татары, чуваши, башкиры и мордва, и имя Бектыш было среди них распространено. Позже многие из этих людей принимали православие, и фамилия закреплялась за их потомками уже как русская. Именно поэтому сегодня Бектышевы — русские по паспорту и языку, но с ясным тюркским корнем в роду.

Стоит отличать фамилию от похожих, но не родственных Бектемировых или Бекмамбетовых. В фамилии Бектышев нет второй части «мир» или «мамбет» — она короче и конкретнее. Среди однокоренных (с той же основой «Бектыш») можно назвать фамилию Бектышевский, но она встречается в разы реже и, скорее всего, образована от названия села или хутора, а не напрямую от имени.

Сословный состав носителей фамилии был пёстрым. В документах XVIII–XIX веков встречаются как крестьяне и однодворцы (в том числе из бывших служилых татар), так и купцы, и даже мелкопоместные дворяне. Например, в Казанской губернии записаны Бектышевы, владевшие землёй, но их происхождение, скорее всего, восходит к тем же служилым татарам, которые после завоевания Казани переходили в русскую службу и получали поместья. Так что предки носителя этой фамилии могли быть как крестьянами-старообрядцами в Симбирской губернии, так и мурзами, перешедшими на службу к московскому царю.