Фамилия Бектышов — редкая, и её разбор требует осторожности: очевидного славянского корня здесь нет, и это сразу подсказывает тюркское происхождение. Основа фамилии — личное имя Бектыш, которое в русской среде оформилось стандартным патронимическим суффиксом -ов, то есть «сын Бектыша». Такая модель типична для фамилий, возникших в XVI–XVII веках у служилых татар, башкир и других народов Поволжья, переходивших на русскую службу и получавших земельные наделы.

Имя Бектыш — составное, типичное для тюркской антропонимии. Первая часть «бек» (бей, бик) означает «господин», «князь», «вождь», вторая — «тыш» — может восходить к слову со значением «камень», «скала» или «крепкий». Таким образом, Бектыш — это «крепкий, как скала, господин» или «князь-камень». Имя давали с пожеланием твёрдости характера и надёжности. Встречается и более прозаичная версия: от тюркского «бектеш» — «равный беку», «товарищ бека», что тоже логично для прозвища младшего дружинника или приближённого.

С географией фамилии всё определённее. Бектышовы — не случайные носители. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века фамилия фиксируется в Казанской, Оренбургской и Уфимской губерниях, то есть на землях бывшего Казанского ханства и Башкирии. Это зона расселения служилых татар и мишарей, которые часто получали фамилии по имени отца, не меняя их на русские окончания. Со временем часть Бектышовых перешла в купечество и мелкопоместное дворянство, но большинство оставалось в сословии государственных крестьян или казаков.

У фамилии есть любопытный ономастический сосед — Бектемиров, где вторая часть «темир» (железо). Бектышов стоит в том же ряду «княжеских» имён, но с более редким вторым компонентом. В словарях тюркских имён Бектыш не част, что делает фамилию ценной для генеалогии: её носители, скорее всего, происходят из узкого круга родов, а не из массового крестьянского «переименования» по отчеству.

Правописание фамилии устойчивое: через «ы», не путать с возможным вариантом Бектишов (через «и»). В дореволюционных документах встречается написание Бектышев, но это скорее описка писаря, чем отдельная ветвь. Современные носители живут в основном в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, хотя отдельные семьи в XX веке разъехались по всей стране.