Фамилия Бактышев — редкий случай, когда за привычным русским окончанием -ев стоит совсем не славянская основа. Вопреки интуиции, искать здесь корень «бакт-» (от латинского «бактерия» или греческого «палка») не стоит: фамилия эта тюркская по происхождению и довольно поздняя по времени оформления.

В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Бактыш (варианты — Бакты, Бахты). Оно образовано от глагола со значением «смотреть, глядеть» или «беречь, хранить». В переносном смысле Бактыш — «тот, кто присматривает», «хранитель», «покровитель». В некоторых тюркских языках это же слово дало значение «счастье, удача» (ср. татарское «бәхет»), так что имя могло быть и охранительным, и пожелательным — родители называли так сына, желая ему счастливой судьбы.

Фамилия образована по русской модели: к имени Бактыш добавили притяжательный суффикс -ев, что буквально означало «сын Бактыша». Такое смешение тюркской основы и русского патронимического суффикса — типичная картина для XVI–XVIII веков, когда татары, башкиры, казахи и другие народы, входившие в состав Российского государства, получали фамилии по русскому образцу. Именно поэтому Бактышевы — не обязательно этнические русские; многие из них имеют татарские или башкирские корни.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу. Наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у сибирских татар, что указывает на широкое распространение имени Бактыш в среде тюркского населения от Волги до Иртыша.

В русском контексте фамилия иногда искажалась на письме: встречаются варианты Бахтышев (с «х» вместо «к» — под влиянием южного произношения) и даже Боктышев. Но основная форма — через «а» и «к» — сохранила исходное имя почти без изменений. Это редкий случай, когда тюркская основа не обрусела до неузнаваемости, а лишь получила русское фамильное окончание.