Фамилия Белобабо — редкий случай, когда прозвище сложили из двух корней, каждый из которых сам по себе мог бы стать фамилией. Первая часть, «бело-», указывала на внешность: светлые волосы, бледная кожа. Вторая часть, «баба», в древнерусских говорах — не только «женщина», но и «бабка-повитуха», а иногда и просто «женщина вообще». Соединившись, эти корни дали прозвище человеку, которого в деревне называли «белой бабой» — либо за светлую внешность, либо по занятию (например, мужчина, помогавший при родах, что для патриархального быта было редкостью и сразу бросалось в глаза).

Модель образования — безсуффиксная, типичная для составных прозвищ, которые позже закрепились как фамилии без изменений: Белобабо, а не Белобабин. Такое «застывание» прозвища в именительном падеже встречается у фамилий, образованных от прозваний-композитов (сравните: Горемыка, Непейвода). Суффикса -ов или -ин здесь нет, потому что прозвище не перешло в форму притяжательного прилагательного, а осталось в исходном виде — возможно, из-за того, что носитель был известен под этим прозвищем всей округе, и его не нужно было «присваивать» одному роду.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где слово «баба» в прозвищах встречалось чаще, чем на севере. Встречаются однокоренные варианты — Белобаб, Белобабченко, — но именно Белобабо сохранило архаичную форму. В словарях русских фамилий эта фамилия не фигурирует как распространённая, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, предки были крестьянами или казаками из одной местности, где прозвище прижилось и передалось по наследству без изменений.

Спорных версий немного: пытались связать «бабу» с тюркским «баба» (отец, дед), но для русского контекста это натяжка — сочетание «белый отец» звучит искусственно, а прозвище по внешности объясняет всё проще и естественнее. Правдоподобнее всего видеть в фамилии бытовое прозвище по светлой внешности или редкой профессии, которое закрепилось за родом без лишних переосмыслений.