Фамилия Беньдюговская — редкий пример, где географическое происхождение просматривается почти наверняка, а вот корень слова вызывает споры. Основа фамилии — Беньдюг, и суффикс -овск-/-евск- (в женской форме -ская) прямо указывает на то, что перед нами типичная польская или западнорусская (белорусская, украинская) фамилия, образованная от названия населённого пункта. Носитель такой фамилии — выходец из места, которое называлось Беньдюг или Беньдюги. Поиск таких топонимов ведёт на территорию современной Украины, где есть село Бендюга (в Житомирской области) и несколько деревень с похожими названиями. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим этим селом (шляхетская модель «по имени имения»), либо крестьянином или мещанином, которого записали по месту рождения.

Сам корень «Беньдюг» — тёмный. Скорее всего, это не славянское слово, а заимствование. Самая правдоподобная версия связывает его с тюркским «бендюк» (или «бендук») — так называли фитильное ружьё, разновидность старинного ручного огнестрельного оружия. В польском языке слово «bendziuch» или «bendziug» могло обозначать и само ружьё, и человека, который его носит или изготавливает. Таким образом, первичное прозвище Беньдюг мог получить оружейник, стрелок или, в переносном смысле, человек с взрывным характером. Менее вероятна версия от личного имени Бенедикт (в народной форме Беня) с добавлением экспрессивного суффикса -юг — тогда Беньдюг означало бы «большой Беня», но это скорее догадка, чем подтверждённая модель.

Суффикс -ск- в фамилии Беньдюговская выдаёт её польские корни или сильное польское влияние при оформлении. В Речи Посполитой фамилии на -ский были маркером принадлежности к шляхте, но позже, после разделов Польши и при переписях в Российской империи, такую форму нередко давали и простым людям, особенно если они переселялись из деревни в город. Поэтому носительница фамилии могла происходить как из обедневшего дворянского рода, так и из крестьянской семьи, которую «ополячили» в документах.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — западные области Украины, а также среди потомков эмигрантов в Польше. В России фамилия единична. Написание через «ь» (Беньдюговская, а не Бендюговская) — характерная черта, которая закрепилась, вероятно, из-за особенностей произношения в говорах, где мягкий знак смягчал предыдущий согласный перед «ю». Это добавляет фамилии своеобразный фонетический рисунок, отличающий её от более прямолинейных вариантов.