Фамилия Бенедовский — редкий случай, когда польская (или западнорусская) дворянская модель образования на -ский столкнулась с основой, не имеющей славянских корней. Вопреки ожиданиям, перед нами не вариант фамилии Бенедиктов или Беневоленский, а скорее всего — топонимическая фамилия от названия места, в основе которого лежит латинское имя Бенедикт (Benedictus — «благословенный»).

Суффикс -овский указывает на принадлежность к географическому объекту: носитель фамилии — выходец из села или местечка Бенедово, Бенедовка или Бенедов. Такие названия встречались на территории бывшей Речи Посполитой (современные Польша, Беларусь, Украина). Форма Бенедовский, а не Бенедовский с ударением на «е», характерна для польской традиции, где фамилии на -owski давались шляхте, владевшей землей в данной местности. В русском языке ударение чаще смещается на последний слог: Бенедовский.

Словообразовательная цепочка проста: латинское Benedictus → народное польское Benedykt → уменьшительное Бенед → топоним Бенедово → фамилия Бенедовский. Важно не путать с фамилией Бенедский, которая могла образоваться напрямую от имени без топонимического посредника. Редкость фамилии объясняется тем, что исходные топонимы были мелкими и локальными.

В сословном отношении Бенедовские, скорее всего, относились к мелкопоместной шляхте или однодворцам (потомкам служилых людей на южных рубежах России). В XIX веке фамилия фиксируется в Волынской и Минской губерниях, а также среди польской шляхты, выехавшей в Сибирь после восстаний 1830-1863 годов. Встречается вариант написания через «и» — Бенидовский, что связано с диалектным произношением.

Других версий происхождения, кроме топонимической, у этой фамилии нет. Попытки связать её с еврейской фамилией Бен-Эдовский (от «бен» — сын) несостоятельны: суффикс -ский нехарактерен для ашкеназской традиции, а основа Бенед- не имеет семитских корней.