Фамилия Бенгачев — редкая и неоднозначная. Её основа, «Бенгач», не встречается ни в крестильных святцах, ни в списках распространённых древнерусских прозвищ. Это сразу указывает на то, что происхождение, скорее всего, не славянское, а заимствованное, и ключ к разгадке лежит в географии.

Наиболее вероятна тюркская версия. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть корень «бен» или «мен» — «я», «свой», а также слово «бенек» — «родинка», «пятно». Прозвище Бенгач могли дать человеку с заметной родинкой. Суффикс «-ач» в тюркских языках часто образует имена деятеля или носителя признака, так что Бенгач — это буквально «пятнистый», «меченый». Фамилия Бенгачев, таким образом, — это русифицированная форма тюркского прозвища, оформленная русским патронимическим суффиксом «-ев» (сын Бенгача).

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — топонимическая. В Поволжье и на Урале встречаются топонимы с основой «Бенга» (например, овраг Бенга). Житель такой местности мог получить прозвище Бенгач, то есть «пришлый из Бенги». Однако эта гипотеза слабее, так как требует искусственного допущения о том, что название места само произошло от того же тюркского корня.

Фамилия Бенгачев — яркий пример того, как русская фамилия может хранить память о тюркском прозвище, которое, в свою очередь, описывало внешность человека. Её носители — потомки выходцев из тюркской среды, скорее всего, служилых татар или башкир, которые в XVI–XVII веках переходили на русскую службу и получали земли в центральных губерниях. Встречается фамилия в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Татарстане, что подтверждает её восточные корни.