Фамилия Бенихис — редкая в русском контексте, и её происхождение почти наверняка не славянское. Если отбросить очевидные, но маловероятные версии случайного совпадения с искажённым немецким «Бениг» (добрый) или испанским топонимом, наиболее правдоподобное объяснение лежит в области еврейской ономастики. В основе лежит ивритское имя Биньямин (Вениамин), которое в ашкеназской традиции могло дать множество вариантов, в том числе с характерным окончанием «-ис». Суффикс «-ис» в фамилиях восточноевропейских евреев (особенно литваков) выполнял роль патронимического показателя, аналогичного славянскому «-ович» или немецкому «-зон». То есть Бенихис — это буквально «сын (потомок) Бени (Биньямина)».

Географически фамилия тяготеет к территории бывшей Речи Посполитой, в частности к Литве и Белоруссии. Там модель образования фамилий с помощью суффикса «-ис» (от литовского -is) была особенно распространена среди еврейского населения. В метрических книгах XIX века можно встретить варианты написания: Бенихис, Беникес, Беникис — разница в огласовке часто была делом записи писаря. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был евреем из местечка Северо-Западного края, которого в официальных документах записали не по отчеству, а по имени отца — Бени.

Интересно, что в русской среде фамилия могла возникнуть и как вторичная, через брак или усыновление, но это исключение. Основной корень — короткая форма Беня от Вениамина, широко распространённая в идише. В отличие от фамилий на «-ович» или «-ов», которые в Российской империи чаще давали крещёным евреям, окончание «-ис» сохраняло связь с традиционной общиной. Никакого отношения к ремеслу или прозвищу эта фамилия не имеет: она чисто патронимическая, и её значение прозрачно — «принадлежащий к роду Бени».