Фамилия Бенимецкий звучит как пришелец из польского или западнорусского (белорусского, украинского) дворянского обихода. Её суффикс -цк- (в форме -ецк-) указывает на типичную модель образования фамилий шляхты и духовенства Речи Посполитой, где окончание -ский/-цкий означало принадлежность к месту или владению. Если бы фамилия была простонародной, мы бы скорее увидели форму Беним или Бенимов.

Корень фамилии — Беним. Бросается в глаза, что это не славянское слово, а явный гебраизм. Беним — это искажённое «Бен-Им» или «Бен-Ямим», что на иврите означает «сын народа» или «сын дней». Однако в контексте фамилии логичнее другое: Беним — это вариант еврейского имени Биньямин (Вениамин) в его ашкеназском произношении. В еврейской среде Восточной Европы имя Биньямин часто сокращали до Бени или Беним, а при получении фамилий в XIX веке (особенно на территории Российской империи) к основе легко добавляли польско-украинский суффикс -ецкий. Так из личного имени Беним образовалась фамилия Бенимецкий — «потомок Бенима».

Вероятнее всего, фамилия возникла на землях Волыни, Подолья или Беларуси, где еврейское население активно контактировало с польской шляхтой и перенимало её фамильные модели. Носитель такой фамилии — не обязательно дворянин; в XIX веке суффикс -цкий массово присваивали еврейским семьям при записи в метрические книги, чтобы фамилия звучала «благородно» и помогала ассимиляции. Таким образом, Бенимецкие — это почти наверняка потомки еврейских мещан или купцов, чей предок носил имя Биньямин.

Встречается и редкий вариант Бенимицкий — с той же основой, но другим чередованием гласных. Правописание через «е» (Бенимецкий) закрепилось, скорее всего, под влиянием польской орфографии, где «e» перед «c» читается как «э». Географически фамилия рассеяна: её носители встречаются в современной Украине, Польше, а после эмиграций конца XIX — начала XX века — в США и Израиле.