Фамилия Бенкогенов — редкий случай, когда в основе лежит составное прозвище, собранное из двух языков. Первая часть, «бен», пришла из арабского и означает «сын». Вторая часть — «коген» — восходит к ивритскому слову «коэн», то есть «священник». В сумме Бенкоген дословно переводится как «сын священника».

Такое прозвище могло указывать на происхождение от потомков Аарона, брата Моисея, — именно от него, по традиции, ведут свой род все коэны, служители Иерусалимского храма. Фамилия Бенкогенов, скорее всего, досталась человеку, чей предок был таким потомком и сохранил память об этом в своём прозвище.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Бенкоген добавили суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Так прозвище отца превратилось в фамилию сына. Интересно, что сама основа двусоставная, но в русской среде её перестали осознавать как два отдельных слова и восприняли как единое целое.

Редкость фамилии объясняется спецификой исходного прозвища — оно характерно для еврейской среды, где были распространены и другие составные фамилии с необычной семантикой: Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток»), Левенфиш («рыба-лев»), Цигенбаум («козье дерево»), Квечман («высказываться неохотно»). На их фоне Бенкогенов выглядит прозрачнее и логичнее.

Искать корни фамилии стоит в регионах, где еврейское население активно контактировало с русскоязычной средой и адаптировало свои прозвища под местные патронимические суффиксы. Скорее всего, фамилия закрепилась в XIX веке, когда фамилии становились обязательными для всех сословий Российской империи.