Фамилия Бенюшис — литовского происхождения, что заметно по её окончанию. В русском языке фамилии на -ис, -ус, -ас чаще всего указывают на балтские корни, в отличие от славянских фамилий на -ов, -ин или -ский. Бенюшис образована от личного имени Бенюш — это уменьшительная форма от Бенедиктас (литовский аналог Бенедикта). В основе лежит латинское benedictus — «благословенный». Суффикс -юш- в литовской антропонимии выполняет ту же роль, что и русский -ушк-: превращает полное имя в ласкательное или обиходное.

Фамилия характерна для северо-восточных регионов Литвы, особенно для Жемайтии и окрестностей Паневежиса. В исторических документах XIX века носители Бенюшис фиксируются как крестьяне и мелкие ремесленники. После разделов Речи Посполитой многие литовцы попадали в метрики Российской империи, где окончание -ис сохранялось, в отличие от полонизированных вариантов типа Бенюшевич.

Можно сравнить Бенюшис с фамилией Бенюш — она встречается у белорусов и поляков (от того же корня, но без литовского окончания). Если Бенюш — это просто прозвище или имя, то Бенюшис буквально значит «сын Бенюша» или «принадлежащий Бенюшу». Такая модель типична для литовских фамилий: они часто указывают на отца или предка, а не на занятие или место.

В современной России фамилия редкая. Встречается в основном у потомков литовцев, переселившихся в Сибирь и на Дальний Восток в ходе столыпинской реформы или после Второй мировой войны. В Литве по данным переписи 1938 года насчитывалось около 200 носителей Бенюшис, сейчас — значительно меньше из-за урбанизации и смены фамилий.

Иных версий происхождения, кроме как от Бенедикта, у этой фамилии нет. Связывать её с тюркскими или еврейскими корнями не приходится: окончание -ис однозначно указывает на балтскую языковую среду.