Фамилия Бердарь — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя без изменений, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. В основе лежит слово «берда», которое в некоторых южнославянских и западноукраинских говорах означало «сторож». Предок носителя этой фамилии, скорее всего, нёс охрану — сторожил село, лес или господское добро.

Суффикс -арь в славянских языках — один из самых активных для обозначения профессии: гончар, пекарь, звонарь. Бердарь образован по той же модели и буквально значит «сторожевой человек». Если бы фамилия формировалась в великорусской среде, она, вероятно, получила бы окончание — Бердарев или Бердаров. Но форма Бердарь указывает на западнорусские или украинские земли, где прозвища нередко застывали в именительном падеже.

Встречается написание Бердар, что лишь отражает особенности местного произношения — редуцированный мягкий знак на конце. По сути, это один и тот же ономастический корень. Родственными можно считать фамилии Берда, Бердин, Бердников, хотя последняя происходит уже от слова «бердо» — ткацкий инструмент, что даёт совершенно другую профессиональную линию.

Сословная принадлежность Бердарей, скорее всего, крестьянская или казачья. В реестрах запорожского казачества XVII–XVIII веков встречаются прозвища, образованные по той же модели, что подтверждает: носитель фамилии мог быть не просто сторожем, а казаком, нёсшим охрану на границе или в степи.