Фамилия Бергункер — один из тех редких случаев, когда её происхождение можно установить почти наверняка, не прибегая к догадкам. Это не русская, а ашкеназская еврейская фамилия, и её расшифровка прозрачна. Она составная: первая часть «берг» (Berg) с немецкого и идиша переводится как «гора», вторая часть «ункер» (unker) — искажённое «ункер» или «анкер» (Anker), что значит «якорь». В целом Бергункер — это «горный якорь».

Такое сочетание слов почти наверняка указывает на искусственное происхождение. В конце XVIII — начале XIX века в Австрийской и Российской империях евреям предписали взять постоянные фамилии. Чиновники или сами носители нередко составляли их из двух немецких корней, чтобы получить благозвучное и «учёное» имя. «Горный якорь» — типичный пример кабинетного творчества: слово красивое, но не связанное с реальным ремеслом или местностью. Вряд ли существовала профессия «горного якорщика» или деревня с таким названием.

Суффикса, типичного для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), в Бергункер нет. Это так называемая «чистая» основа, характерная для немецко-еврейских фамилий, которые не русифицировали. Такие фамилии часто оканчиваются на согласный или имеют специфические окончания вроде -ер, -ман, -штейн. Бергункер стоит в одном ряду с Гольдбергом, Розенбергом или Эпштейном — все они составлены по той же модели «корень + корень».

Написание фамилии могло варьироваться: в метрических книгах встречаются варианты Бергункер, Берганкер и даже Берг-Анкер. Это связано с тем, что переписчики на слух записывали незнакомое слово, а сам владелец не всегда твёрдо знал, как пишется вторая часть. Однако якорное значение сохранялось во всех вариантах.

Географически фамилия тяготеет к территории бывшей черты оседлости: Украина, Белоруссия, южные губернии России. Встречается она нечасто, поэтому носители Бергункер, скорее всего, потомки одной или нескольких семей, получивших эту фамилию в одном уезде. Проследить точное место выдачи фамилии можно только по архивным ревизским сказкам, но для рядового поиска достаточно знать: предки были евреями-мещанами, жившими в местечках, и их фамилию придумали за столом, соединив гору и якорь в одно слово.