Фамилия Бернаго — один из тех редких случаев, когда русская фамилия сохранила иноязычную основу и нетипичный для славян суффикс. В ней нет привычного -ов, -ин или -ский. Окончание -о указывает на возможное происхождение из польского, украинского или белорусского языков, где такие формы встречаются чаще. Но корень фамилии ведет еще дальше — к итальянскому имени Бернардо (Bernardo), которое в русской традиции могло адаптироваться как Бернат или Бернар.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища или имени Бернаг — варианта того же Бернарда, где произошло усечение конца и замена звуков по законам местного говора. Суффикс -аг-о типичен для западнорусских земель: в Польше и на Волыни так оформляли фамилии от личных имен (ср. Войнаго, Жданаго). Носитель такой фамилии мог быть выходцем из шляхты или мещан, переселившимся в центральную Россию, где фамилия закрепилась в неизменной форме.

Другая версия, менее вероятная, связывает Бернаго с тюркским корнем «берна» — «дающий» или «одаренный», но в таком случае фамилия скорее получила бы окончание -ов или -ев. Итальянский след подтверждается и историей: в XVIII–XIX веках в Россию приезжали мастера, купцы и военные из итальянских земель, и некоторые из них оседали, давая начало фамилиям вроде Бернаго, Бернацкий или Бернарди.

Географически фамилия встречается в основном на юге России и в Поволжье, что косвенно указывает на миграционные потоки через Малороссию или польские территории. В дореволюционных списках Бернаго фигурируют среди купечества и духовенства — например, в Ростове-на-Дону и Астрахани. Сегодня фамилия остается редкой, и ее происхождение — наглядный пример того, как европейское имя, пройдя через несколько языковых фильтров, превратилось в русскую фамилию с необычным окончанием.