Фамилия Бернальдо — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные славянские модели с суффиксами -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия итальянского или испанского происхождения, которая попала в Россию через миграцию, браки или культурные связи. Основа — личное имя Бернальдо, вариант имени Бернардо (итал. Bernardo) или Берналь (исп. Bernal). В свою очередь, эти имена восходят к древнегерманскому Bernhard, где «bern» — медведь, а «hard» — сильный, смелый. То есть первоначальное значение — «сильный как медведь» или «медвежья отвага».

Если смотреть на словообразовательную модель, фамилия сохранила исходную форму имени без добавления русских патронимических суффиксов. В русской традиции это нетипично: крестьянские и мещанские фамилии обычно переделывали на свой лад, добавляя -ов или -ев. Бернальдо же осталась «голой» — такой, какой её записали в документах. Это указывает на позднее появление фамилии в России, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда фиксация имён стала строже, а носитель мог быть иностранцем или выходцем из обрусевшей семьи, сохранившей родовое прозвание.

Географически фамилия Бернальдо в России встречается крайне редко, в основном в крупных городах, куда стекались переселенцы. Не исключено, что предок был итальянским архитектором, художником или ремесленником, приглашённым в Российскую империю. В итальянской ономастике фамилия Бернальдо (или Бернальди) более распространена на севере Италии, особенно в Лигурии и Пьемонте. В испанском ареале форма Берналь встречается в Каталонии и Валенсии.

Есть и менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть как русификация еврейского имени Берл (от идиш «бер» — медведь) с добавлением романского окончания -альдо. Однако это предположение слабое: для такого перехода нет фонетических оснований, и в документах подобных примеров не зафиксировано. Правдоподобнее считать фамилию Бернальдо прямым заимствованием из романских языков, сохранившим память о предке, которого звали Бернардо или Берналь.