Фамилия Бернаучис — редкий случай, когда географическое происхождение можно проследить почти без споров. Её основа — название немецкого города Бернау (Bernau bei Berlin) в земле Бранденбург. Суффикс «-ис» (в оригинале, скорее всего, -is или -icz) указывает на патронимическую или топонимическую модель, характерную для восточноевропейских, особенно литовских и польских, фамилий. То есть Бернаучис — это не просто «из Бернау», а «сын (или потомок) человека из Бернау».

Сам Бернау в XV веке был известен как один из пивоваренных центров Германии. Но в XVII веке эпидемии и разрушительные войны опустошили город. Чтобы возродить его, курфюрст Фридрих III пригласил туда верующих беженцев из Франции — гугенотов. Среди них были искусные ремесленники, крестьяне, торговцы и учёные. Именно в этот период, на рубеже XVII–XVIII веков, фамилия Бернаучис и могла закрепиться: либо за французским переселенцем, который адаптировал название нового места жительства, либо за коренным жителем, получившим прозвище по городу.

Таким образом, носитель фамилии Бернаучис — потомок либо старожила Бернау, либо одного из тех гугенотов, которые вдохнули в город новую жизнь. Фамилия не дворянская, а скорее мещанская или ремесленная, что подтверждается историей самого города.