Фамилия Бернина — редкий пример, где суффикс подсказывает географию точнее, чем основа. Формант -ин указывает на северный или восточный ареал: такие фамилии массово возникали в новгородских, вятских, архангельских землях, а позже — в Сибири. В отличие от южнорусских фамилий на -ов/-ев, -ин закреплялся за прозвищами и именами, оканчивающимися на -а/-я. Бернина — из этого ряда, но её основа ставит перед исследователем вопрос: что или кто скрывается за корнем «Берн-»?

Самая прямая версия — топонимическая. В России и на Украине есть несколько населённых пунктов с названием Бернино (например, в Смоленской и Тверской областях). Выходец из такого села или деревни получал прозвище Бернин, а его потомки закрепляли фамилию. Модель «от названия места через прозвище» типична для крестьян, которые редко меняли место жительства, и фамилия чётко привязывала к конкретной местности.

Менее очевидный, но возможный путь — от личного имени Берн. В дохристианской антропонимии славян существовали имена, связанные с защитой и оберегом: Берн могло означать «оберегающий» или «берущий» (от глагола «брать»). Такая форма встречается в древненовгородских берестяных грамотах. Если это так, то Бернина — «дочь или жена Берна», но со временем патроним перешёл в фамилию по мужской линии.

Спорная гипотеза выводит фамилию из немецкого корня Bern- (медведь), связывая её с переселенцами или пленными. Однако для массовой русской фамилии это маловероятно: суффикс -ин в сочетании с немецкой основой встречается лишь в единичных случаях, и то в дворянских родах, а не в крестьянской среде, где и сложилась Бернина. Правдоподобнее считать, что перед нами исконно славянское образование, связанное с местом или прозвищем.

Фамилия редкая: в современных базах данных она встречается в единичных записях по России, в основном в центральных и северо-западных регионах. Это подтверждает версию о локальном происхождении — от одного или нескольких родов из конкретных деревень Бернино.