Фамилия Берницына образована от мужского прозвища или имени Берница. В основе фамилии лежит слово «берно» — так в древнерусских говорах называли бревно, колоду, а иногда и тяжелый, неповоротливый предмет. Человек мог получить прозвище Берница за крепкое телосложение, медлительность или, напротив, за работу с деревом — плотницкое ремесло. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «берница» означала берестяной короб или лукошко, так что прозвище могло закрепиться за корзинщиком или торговцем.

Фамилия построена по самой распространенной в русской ономастике модели: основа на -а (-я) плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Берницы» или «жена Берницы». Схема та же, что у фамилий Птицын, Синицын, Куницын, но с той разницей, что Берница — не птица и не зверь, а прозвище по занятию или внешности. Славянские фамилии такого типа, как Берницына, широко представлены не только у восточных, но и у западных и южных славян, что говорит о древности словообразовательной модели.

Сам корень «берн-» родствен слову «берно» (бревно), которое сохранилось в южнославянских языках. В русских говорах встречаются однокоренные фамилии Бернов, Берников, Берницын. Форма Берницына — женская, но в большинстве случаев она закрепилась за женщиной как наследственная фамилия, а не как указание на пол носителя. Встречается фамилия в центральных и северных областях России, где деревянное строительство и промыслы были основой хозяйства.

Ономастические справочники (работы Б. Унбегауна, В. Никонова) относят подобные фамилии к разряду прозвищных, возникших не от крестильного имени, а от бытового слова. Точных дат появления фамилии Берницына нет, но суффикс -ин указывает на формирование не позднее XVII века, когда такие модели стали массовыми среди крестьян и посадских людей. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — скорее всего, предки были ремесленниками или крестьянами, получившими фамилию по прозвищу главы семьи.