Фамилия Бесперцев образована от прозвища Бесперстый или Бесперст — так в старину называли человека без одного или нескольких пальцев на руке. Потеря пальца могла быть следствием травмы, болезни или, реже, врождённой особенности. В крестьянском быту, где каждая рука была на счету, такое прозвище быстро закреплялось за человеком и переходило к его детям. Основа прозвища — прилагательное «бесперстый» (от «перст» — палец), а суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Бесперстого». В русской ономастике это типичная модель образования фамилий от прозвищ, описывающих физические недостатки (ср. Безруков, Кривошеев, Шепелев).

В документах XVI–XVII веков прозвище Бесперстый встречается в разных регионах, но фамилия Бесперцев — довольно редкая. Географически она тяготеет к южнорусским областям и Среднему Поволжью, где были сильны традиции прозвищного именования. Стоит обратить внимание на суффикс -цев, а не более привычное -ов: это вариант, характерный для фамилий, образованных от прилагательных с основой на -ый (ср. Глупцев от «глупый», Слепцев от «слепой»). В разговорной речи форма могла упрощаться до Бесперцов, но письменная фиксация сохранила исходный вариант.

Версия о связи фамилии с птицей «бесперцев» (то есть лишённой перьев) несостоятельна: в русском языке такого слова нет, и прозвище не могло возникнуть из ничего. Более того, в словаре В. И. Даля зафиксировано именно слово «бесперстый» — человек без пальцев. Таким образом, фамилия Бесперцев — это не метафора и не загадка, а прямое указание на характерную внешнюю примету предка.