Фамилию Беспокойная не стоит путать с фамилией Беспокойный. Разница не только в окончании, но и в истории. Беспокойная — это не мужская фамилия в женском роде, а исконно женская фамилия, застывшая в форме прилагательного женского рода. Такие фамилии — редкий тип для русского ономастикона. Обычно фамилии на -ой/-ый (Беспокойный) принадлежали мужчинам, а на -ая (Беспокойная) — женщинам, но в некоторых регионах, особенно в южнорусских и украинских говорах, фамилия могла закрепиться за целым родом именно в женской форме, если прозвище дали женщине-родоначальнице.

Основа фамилии — прозвище Беспокойная. В русских говорах «беспокойный» означало не только «непоседливый, хлопотливый», но и «тревожный, суетливый, доставляющий хлопоты». Прозвище могли дать женщине, которая постоянно суетилась, не могла усидеть на месте, вечно что-то организовывала или, наоборот, была причиной тревог и переживаний для окружающих. Слово «беспокойство» в XIX веке имело более широкий смысл — от бытовой суеты до душевного волнения.

Версия о происхождении от имени Покой (редкое нецерковное имя) маловероятна: приставка «бес-» в таких прозвищах — активная словообразовательная модель, а не отрицание существовавшего имени. Сравните с фамилиями Бессонный, Беспалов (без пальца), Беспрозванный — все они образованы от прозвищ, описывающих качество или отсутствие чего-либо.

Географически фамилия встречается в основном на юге России — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также на Украине. В центральных и северных регионах она редка. Это подтверждает южнорусское происхождение, где фамилии в форме женского рода на -ая дольше сохранялись как наследственные.

Известных носителей с этой фамилией, оставивших заметный след в истории, нет — фамилия осталась в крестьянской и мещанской среде, не попав в дворянские родословные книги. Её носительницы — обычные женщины, чьё прозвище закрепилось за потомками.