Фамилия Бейшеналиева образована от сложносоставного имени Бейшенали, характерного для тюркоязычных народов, особенно в Кыргызстане. В основе имени — три компонента, каждый из которых добавлял свой смысл в пожелание ребёнку. Первая часть, «бей», восходит к древнетюркскому военному термину, который со временем стал обозначать «князь, повелитель, глава, господин». Второй компонент, «шен», также из древнетюркского, означает «веселый, радостный, счастливый»: родители, вкладывая эту часть, желали ребёнку лёгкой и спокойной жизни. Завершает имя арабское Али — «высокий, возвышенный, человек высокого звания и достоинства».

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Бейшенали добавлен русский патронимический суффикс -ев- (в женском роде — -ева). Такой способ оформления фамилий типичен для народов Средней Азии, вошедших в состав Российской империи. Фамилия фиксирует отчество: Бейшеналиев — буквально «сын Бейшенали». В русском языке женская форма Бейшеналиева стала основной, так как чаще всего в документах фигурирует именно она (по мужу или по отцу).

Фамилия не имеет отношения к русским дворянским родам или славянским прозвищам — её корни лежат в мусульманской и тюркской ономастике. Аналогов среди однокоренных фамилий немного: встречаются варианты Бейшенов, Бейшеналиев (мужская форма) и единичные Бейшенали. В Кыргызстане и прилегающих регионах имя Бейшенали до сих пор бытует как личное, что делает фамилию «живой» — её носители могут проследить связь с конкретным предком, носившим это имя.