Фамилия Бейсеналиевы происходит от личного имени Бейсенали, которое, в свою очередь, является составным. Первая часть — Бейсен — восходит к тюркскому слову со значением «четверг». В прошлом у многих народов было принято давать имена по дню рождения ребёнка, так что Бейсен — это буквально «рождённый в четверг». Вторая часть имени — Али — арабского происхождения и означает «великий, возвышенный, могущественный». В данном контексте она выступает как фонетический вариант имени Гали. Соединившись, обе части образовали имя-пожелание: родители, называя сына Бейсенали, желали ему стать уважаемым и сильным человеком, родившимся в удачный день.

С точки зрения словообразования, фамилия Бейсеналиевы — это типичный пример фамилии на -ев, образованной от восточного имени. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Бейсенали» или «из рода Бейсенали». Такая модель распространена среди тюркских и кавказских народов, где русский патронимический суффикс присоединялся к местным именам.

Фамилия Бейсеналиевы, скорее всего, имеет казахское или киргизское происхождение: формант -ев и структура имени характерны именно для этих регионов. Встречается она и сегодня, преимущественно в Центральной Азии. В отличие от многих фамилий, образованных от названий профессий или прозвищ, эта напрямую связана с личным именем, что делает историю семьи прозрачной: предки носителей фамилии, вероятно, были людьми, для которых имя Бейсенали было родовым или передавалось по традиции.