Фамилия Бейшенкулов — одна из тех, что сразу выдают восточное, а точнее, тюркское происхождение. Её основа — мужское имя Бейшенкул, которое состоит из двух частей. Первая часть, «бейшен», восходит к персидскому «панджшанбе» (пятый день недели, четверг), которое через тюркские языки закрепилось в форме «бейшемби» или «бейшен». Вторая часть — «кул» — в переводе с тюркского означает «раб», но в именах оно приобрело значение «слуга Божий», «раб Аллаха». Таким образом, Бейшенкул — это «раб, рождённый в четверг». Подобные «двухчастные» имена были типичны для народов Средней Азии, особенно у киргизов и казахов, где день недели рождения ребёнка часто становился частью его имени.

Суффикс «-ов» в конце фамилии — типичная русская патронимическая приставка, которая закрепилась в результате административных реформ Российской империи. Когда в XIX — начале XX века кочевое население Туркестана начали массово записывать в метрики и списки, к местным именам добавляли русский суффикс принадлежности. Так Бейшенкул стал Бейшенкуловым, то есть «сын (или потомок) Бейшенкула». Это не местная фамильная модель — у самих киргизов наследственных фамилий в современном понимании не было, они пользовались родовыми именами и отчествами.

Географически фамилия Бейшенкулов почти целиком привязана к Кыргызстану, реже встречается в Казахстане и Узбекистане. В России она редка и встречается в основном среди мигрантов из этих стран. Интересно, что в киргизском языке суффикс «-ов» иногда отбрасывают, и фамилия может писаться как Бейшенкул или Бейшенкул уулу (где «уулу» — «сын»). Но в русскоязычных документах закрепилась именно форма на «-ов», и она же попала в паспорта.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бейшенов, Бейшембиев, Бейшенбаев — показывает, что основа «бейшен» была популярна как именной компонент. Вариант Бейшенкулов отличается именно второй частью «кул», которая подчёркивает религиозный подтекст имени. В отличие от фамилий, образованных от названий ремёсел или местностей, эта фамилия — чисто патронимическая и говорит только об имени предка, а не о его занятии или происхождении.