Фамилия Бейшикеев — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа сочетается с русским суффиксом принадлежности. Её ядро — тюркское мужское имя Бейшике (варианты: Бейшек, Бийшеке). В тюркских языках «бей» (бий) означает «князь, господин, правитель», а «шике» (шек, шеке) — уменьшительный аффикс, дающий значение «князёк, маленький князь» или «сын князя». Таким образом, имя Бейшике могло быть прозвищем знатного юноши или младшего отпрыска в роду, а позже — личным именем.

Модель образования фамилии — классическая для русификации: к основе Бейшике прибавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Это указывает, что предок носителя фамилии звался Бейшике, а его сын или внук стал Бейшикеевым — «сын Бейшике». Судя по суффиксу, фамилия оформилась не в исконно русской среде, а в зоне активного тюркско-славянского контакта, вероятно, в Поволжье, Приуралье или Сибири, где татары, башкиры, казахи и другие народы принимали православие и получали фамилии по отцу.

Суффикс -ев (а не -ин) здесь не случаен: он типичен для фамилий от основ на мягкий согласный или гласный. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в русской среде часто образовывались от мирских имён и прозвищ, Бейшикеев сохраняет прямую связь с тюркским именем, не переосмысленным в русском языке. Аналогов по модели — десятки: Темирбаев, Кунакбаев, Уразбаев, но Бейшикеев стоит особняком из-за редкой основы.

В документах фамилия почти не встречается. По данным открытых источников, единичные носители зафиксированы в Казахстане и на юге Западной Сибири. Встречается вариант написания Бейшикеев с двумя «е» — это орфографическая норма, отражающая произношение (Бейшике + ев). Форма Бейшикеев без второго «е» (как Бейшиков) грамматически неверна, так как имя не оканчивается на твёрдый согласный.

Социальный контекст: фамилия могла появиться в среде служилых татар или башкир, которые в XVI–XVIII веках переходили на русскую службу и получали земельные наделы. Имя Бейшике в таком случае — не просто родовое, а указание на происхождение из знатного, пусть и локального, рода. В крестьянской среде такие «княжеские» прозвища тоже давали, но реже — обычно как ироничное прозвище заносчивому человеку, а не как родовое имя. Первая версия (реальное знатное происхождение) выглядит правдоподобнее, поскольку имя сохранилось в фамилии без искажения и не перешло в бытовое прозвище.