Фамилия Бейшекеева звучит непривычно для русского уха, но её происхождение прозрачно для тех, кто знаком с тюркскими языками. Это классическая фамилия-патроним, образованная по русской модели, но от тюркского имени. Основа здесь — мужское имя Бейшекен или Бейшеке. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Бейшекеева буквально означает «дочь (или жена) Бейшеке». Такая форма характерна для народов, где фамилии закрепились поздно, часто уже в советское время, и строились от имени отца.

Имя Бейшеке составное. Первая часть, «бей», в тюркских языках означает «господин», «князь», «вождь». Вторая часть, «шеке», может восходить к арабскому «шейх» (старейшина, духовный лидер) или к тюркскому «шекер» (сахар, сладкий) в переносном смысле — «дорогой», «любимый». Таким образом, имя Бейшеке могло означать «господин-шейх» или «сладкий господин» — то есть быть либо статусным, либо ласкательным прозвищем, которое затем стало именем.

Географически фамилия Бейшекеева почти наверняка указывает на Кыргызстан. Формант -ев (а не -ов) и характерная основа типичны для кыргызских фамилий, которые в XX веке записывались по русским правилам. Встречается она и среди казахов, но реже. Киргизский суффикс -ке в имени (Бейшеке) — уменьшительно-ласкательный, что подтверждает: изначально это было не официальное имя, а домашнее прозвище или обращение.

Родственные фамилии, построенные по тому же принципу — Бейшеев, Бейшенов, Бейшебаев. Все они восходят к именам с корнем «бей». Если убрать суффикс -ке, получится имя Бейш, от которого пошла фамилия Бейшев — более редкая, но тоже встречающаяся у кыргызов.

Носительница фамилии Бейшекеева, скорее всего, происходит из рода, где предок носил имя Бейшеке. Это имя не было дано при рождении в честь святого или пророка — оно бытовое, «мирское», что говорит о невысоком, но уважаемом социальном положении предка. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к высшей знати у этой фамилии нет — это фамилия простых людей, получивших её от отца или деда.