Фамилия Бгатовы происходит от личного прозвища Бгат. В её основе лежат диалектные глаголы «бгать» — «гнуть, ломать» или «засовывать куда-либо, комкая», а также «бгаться» — «продираться в тесноте, тискаться». Эти слова характерны для южнорусских и западнорусских говоров и встречаются в свадебных песнях: «Помози, Божья мати, наш коровай бгати». Прозвище Бгат, скорее всего, давали человеку неуклюжему или неловкому.

Фамилия образована по самой распространённой модели: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, обозначающий принадлежность. Буквально Бгатов — «сын Бгата» или «из семьи Бгата». Встречается и вариант написания Бгатовы, который указывает на множественное число, то есть на целый род.

Точное место и время возникновения фамилии определить сложно — процесс становления русских фамилий был долгим. Однако по говору, лёгшему в основу, можно предположить, что корни фамилии — на юге или западе России. Сравните с однокоренными: Бгавин, Бгажба (последняя — уже абхазская фамилия, но с тем же корнем в значении «гнуть»). В любом случае, фамилия Бгатовы — живое свидетельство народной речи, сохранившей редкий глагол, который в литературном языке почти не употребляется.