Фамилия Бгатова — женская форма фамилии Бгатов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Бгат. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев и -ин образуются от основ, оканчивающихся соответственно на согласный или гласный звук. Здесь основа Бгат, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Бгатов, то есть сын или потомок Бгата.

Корень фамилии неочевиден для русского уха. Самая вероятная версия связывает его с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «багат» или «богат» означает «богатый», «сильный», «могущественный». Это слово могло стать личным именем или прозвищем, которое давали человеку зажиточному, либо, напротив, с иронией — бедняку. Закономерное фонетическое изменение (оглушение «г» в «к» или, наоборот, озвончение «к» в «г») встречается в диалектах, так что «Бгат» — вариант всё того же «богат». В пользу этой гипотезы говорит широкая распространённость однокоренных фамилий у народов Поволжья и Северного Кавказа: Богатов, Богатырёв, а также осетинская фамилия Бгатов, где корень «бгат» может восходить к «бог» (бык) или «бга» (вершина, гора).

Менее распространённая, но не лишённая оснований версия — связь с диалектным русским словом «бгать» (гнуть, мять, складывать). В некоторых говорах так называли человека, который горбится или сутулится, либо мастера, занимавшегося гибкой чего-либо (например, обручей для бочек). Однако прозвище Бгат от такого глагола — форма скорее гипотетическая, в то время как тюркский след выглядит надёжнее, особенно с учётом географии фамилии: Бгатовы традиционно встречаются в среде осетин, кабардинцев и других народов Кавказа, где фамилия эта довольно известна.

В дореволюционной России фамилия Бгатова могла принадлежать представительницам разных сословий — от крестьянок до казачек, но чаще всего она указывает на кавказские или южнорусские корни. Сейчас носительниц фамилии можно встретить по всей стране, но концентрация остаётся на Северном Кавказе и в казачьих регионах.