Фамилия Бинюшов — это не самостоятельное образование, а скорее всего фонетический вариант фамилии Бенюшов. Звук «е» под ударением в разговорной речи мог перейти в «и», что и закрепилось на письме. Обе формы восходят к имени Бенюш — уменьшительно-ласкательной производной от библейского имени Беньямин (в русской традиции — Вениамин). В переводе с древнееврейского оно означает «сын правой руки», а в переносном смысле — «сын любимой жены».

С библейским Беньямином связана драматичная история: он был младшим сыном патриарха Иакова и его любимой жены Рахили. Роды оказались смертельными для матери, и Иаков, найдя в мальчике главное утешение, называл его «сыном своей старости». Имя Бенюш, уменьшительная форма, закрепилось в обиходе как ласковое домашнее прозвище.

Суффикс -ов в фамилии Бинюшов — типичный славянский патронимический формант, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бинюша). Такая модель образования говорит о том, что фамилия сформировалась под влиянием русской языковой среды. Носитель фамилии, основатель рода, скорее всего, проживал на территории России, где и произошла адаптация исходного еврейского имени к славянской модели фамилий.