Фамилия Бирцынаев — редкий образец русской фамилии, образованной по тюркской модели. Её основа восходит к слову «бирцын» — так в некоторых тюркских языках называли сборщика податей, мытаря. Суффикс -аев (-ев) в данном случае не славянский патронимический, а калька с тюркского окончания, указывающего на принадлежность: Бирцынаев буквально значит «сын (потомок) Бирцына». Получается, что родоначальник либо сам занимался сбором налогов, либо получил такое прозвище за характер или род деятельности.

В русском языке фамилии на -аев (как и на -ин, -ов) закрепились в XVI–XVII веках, когда служилые люди и крестьяне из татарских и башкирских земель переходили на русскую службу и получали фамилии по отцу. Бирцынаев — один из тех случаев, когда исходное тюркское имя или прозвище было переоформлено русским окончанием, но сохранило свою внутреннюю форму. Судя по типу окончания, фамилия могла закрепиться в среде казачества или в приграничных уездах, где смешивались русское и тюркское население.

Слово «бирцын» в русских документах встречается в значении «целовальник», «сборщик пошлин». В словаре Даля «бирч» или «бирчий» — это сборщик податей, писарь. Бирцынаев, таким образом, — фамилия не дворянская и не крестьянская в привычном смысле, а скорее «служилая» по происхождению: предок нёс финансовую или административную повинность. В современных базах данных фамилия встречается крайне редко, в основном в Оренбуржье и Башкортостане, что подтверждает её региональную привязку к бывшим пограничным линиям и ясачным землям.