Фамилия Бишкентеев — редкий случай, когда географическое название стало основой для родового имени, причем не через привычную модель «житель такой-то местности», а через прозвище или имя собственное. В основе лежит топоним Бишкент или Бишкенте. Такие названия встречаются в Средней Азии, особенно в Казахстане и Киргизии, где «биш» означает «пять», а «кент» или «кенте» — «селение», «город». Буквально — «пять селений» или «пять городов». Скорее всего, так называли небольшой населенный пункт или группу аулов.

Словообразовательная модель типична для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс -ев. Исходная форма — Бишкенте (личное имя или прозвище по месту рождения) плюс притяжательный аффикс, характерный для русских фамилий: Бишкенте-ев. Суффикс указывает на принадлежность — «сын Бишкенте». В тюркской среде фамилий в современном понимании долго не было, поэтому при интеграции в Российскую империю и советскую систему записи такие прозвища закреплялись как фамилии.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из местности Бишкент или получил имя в честь этого места. Встречаются варианты написания с одной «т» (Бишкентеев) и с двумя (Бишкенттеев) — это следы разного произношения и записи в документах. Фонетически более точна двойная «т», так как в исходном слове «кент» конечная согласная слышна отчетливо, но на практике часто упрощали.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянских или скотоводческих семей, так как в Средней Азии фамилии по месту жительства были распространены среди оседлого и полукочевого населения. Дворянских корней у этой фамилии нет — она восточная, народная, сформировавшаяся в XIX–XX веках. Однофамильцы встречаются редко, в основном на юге Казахстана и в прилегающих областях России.