Фамилия Благерев — редкий пример, когда в основе лежит слово с противоположными значениями. Исходное прозвище Благерь, скорее всего, восходит к прилагательному «благой». В народной речи у него было два полюса: с одной стороны, всё доброе и хорошее (от общеславянского «благо»), с другой — «сердитый, упрямый, своенравный, беспокойный», как фиксирует «Толковый словарь живого великорусского языка» Владимира Даля. То есть Благерем могли назвать как человека добродушного, так и, наоборот, неуживчивого и строптивого — без дополнительных сведений о носителе не угадаешь.

Есть и вторая, более узкая версия. Даль упоминает слово «благирь» — малярная краска бледно-жёлтого цвета, свинцовая желть. Если прозвище пошло от него, то Благерь — это маляр, красильщик или торговец этой краской. Либо, что тоже вероятно, прозвище дали за внешность: бледный, желтоватый цвет кожи. Такая примета в крестьянской среде легко становилась уличным именем.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Благерь добавили притяжательный суффикс -ев (вместо -ов после мягкого согласного), и получилось «сын Благеря». В документах начала XX века встречается конкретный носитель: Благерев Василий Захарович, 1905 года рождения, из села Верхняя Деревенька Льговского района Курской области. Эта запись — одно из немногих документальных подтверждений бытования фамилии, и она привязывает её к южнорусскому региону, где говоры сохраняли и «благой» в значении «плохой», и слово «благирь».