Фамилия Благерева — редкий пример, когда в основе лежит слово с противоположными смыслами. Скорее всего, её образовали от прозвища или мирского имени Благерь, а оно, в свою очередь, восходит к понятию «благо» — всему доброму, хорошему и полезному. Однако в народной речи, как отмечает Владимир Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка», прилагательное «благой» имело и прямо противоположное значение: «сердитый, упрямый, своенравный, неугомонный». Так что прозвище Благерь могло указывать как на доброго, так и на неуживчивого человека — без контекста уже не разобрать.

Есть и вторая, более редкая версия. Даль фиксирует слово «благирь» — малярная краска бледно-жёлтого цвета, свинцовая желть. Если прозвище пошло от него, то Благерем могли назвать маляра, красильщика или торговца этой краской. Не исключено, что прозвище дали по внешности — из-за бледного, желтоватого оттенка кожи.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Благерь добавили суффикс -ев, характерный для русских фамилий, и получили Благерев (в женском роде — Благерева). В документах начала XX века встречается Благерев Василий Захарович, 1905 года рождения, из Курской области, Льговского района, села Верхняя Деревенька. Это одна из немногих документальных привязок фамилии к конкретной местности.