Фамилия Блахотин — фонетический вариант более древней фамилии Благотин. Обе они образованы от славянского мирского имени Благота, в основе которого лежит корень «благ-» со значением «добрый, праведный, полезный». Такие имена-пожелания давали детям, чтобы те прожили честную и счастливую жизнь. Имя Благота не кануло в Лету: до сих пор оно бытует у южных славян, например у сербов.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Блахотин — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?». То есть Блахотин — это «сын Блахоты» или «потомок Блахоты». Замена «г» на «х» (Благота → Блахота) — типичный для русских говоров случай ассимиляции или просто фонетического упрощения: звонкий звук оглушался под влиянием соседних глухих или просто в потоке речи.

Точных сведений о месте и времени возникновения фамилии нет. Процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий (с XV по XVII век), и фамилии на -ин, как правило, раньше всего закрепились в северных и центральных областях России. Можно предположить, что носители фамилии Блахотин исторически связаны именно с этими регионами, где оглушение согласных встречается чаще, чем на юге.