Основой фамилии Блахотин послужило мирское имя Благота. Фамилия Блахотин представляет собой фонетический вариант фамилии Благотин, которая образована от мирского имени Благота. Это имя имеет славянское происхождение и восходит к корню со значением «благой», то есть «добрый, праведный, полезный». Возможно, имя Благота содержало в себе пожелание ребёнку прожить праведную жизнь. Это имя, несмотря на древность, по сей день не выходит из употребления. Так, мужское имя Благота встречается у южных славян. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Благота, со временем получил фамилию Блахотин.