Фамилия Блохотин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было не обидным, а профессиональным. Вопреки интуитивному желанию связать её с мелким назойливым насекомым, корень здесь — не блоха, а блохатый, то есть человек, занимавшийся ловлей блох. В доиндустриальной России, особенно в городах и при крупных усадьбах, блохоловы были востребованы: они обходили дома, выкуривали или вычёсывали паразитов из одежды и постелей. Такая работа не считалась престижной, но была стабильной и давала человеку устойчивое прозвище, которое затем закрепилось за его потомками.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Блохотин буквально означает «сын Блохоты». Само слово «блохота» — это не имя, а прозвище, образованное от глагола «блохатить» (ловить блох) или напрямую от существительного «блоха» с характерным для профессиональных прозвищ суффиксом -ота (сравните: зевота, ломота). То есть Блохота — это «тот, кто блохатит», а Блохотин — «чей-то сын, потомок такого человека».

В отличие от фамилий, образованных от мирских имён (Блохин, Блошкин), где основа могла быть ласкательным или ироничным именем, Блохотин жёстко привязан к конкретному занятию. В писцовых книгах XVII века встречаются отдельные упоминания людей с прозвищем Блохота в ремесленных слободах Москвы и Ярославля, но фамилия в целом остаётся редкой. Географически она тяготеет к центральным регионам России, где была развита городская ремесленная культура.

Однокоренные фамилии — Блохин, Блошкин, Блохинцев — гораздо распространённее, и их семантика чаще связана с личными именами или характеристиками. Блохотин же стоит особняком: он сохранил память о почти забытой профессии, которая в XIX веке с улучшением санитарных условий исчезла. Поэтому носитель этой фамилии с высокой долей вероятности происходит не от «обидного» прозвища, а от предка, который имел чёткую специализацию и был известен в своей округе именно как мастер по выведению паразитов.