Фамилия Блаженцов образована от прозвища или мирского имени Блаженец. В основе лежит прилагательное «блаженный» — в церковнославянском языке это «счастливый, благодатный», а в народной речи слово имело двойственное значение. С одной стороны, так могли назвать человека набожного, праведного, даже юродивого (в христианской традиции блаженные — особый чин святых). С другой стороны, в диалектах «блажной» означало «взбалмошный, своенравный, чудаковатый». Прозвище Блаженец, скорее всего, давали либо человеку с заметными странностями в поведении, либо, наоборот, тому, кто вёл жизнь аскета и молитвенника.

Суффикс -ец в основе указывает на лицо (как в словах «купец», «мудрец»), а фамильный суффикс -ов — стандартный патронимический, отвечающий на вопрос «чей?». Блаженцов — буквально «сын Блаженца». Модель типична для русских фамилий XIX века, массово закреплявшихся после отмены крепостного права.

Интересно, что фамилия Блаженцов встречается реже, чем её однокоренные варианты Блаженов или Блаженников. Это говорит о том, что прозвище Блаженец было локальным и не столь распространённым. Встретить носителей фамилии можно в центральных и северных областях России — в архангельских, вятских, костромских говорах слово «блажной» было особенно употребительно. В духовном сословии фамилия могла появиться искусственно: семинаристам нередко давали «говорящие» фамилии по их характеру или поведению, так что Блаженцов мог стать и ученик, отличавшийся кротостью или, напротив, чудачеством.

В написании фамилии возможна путаница с Блаженцев — вариант через -ев появляется, если основа оканчивалась на мягкий согласный (Блаженец → Блаженцев). Но исторически форма Блаженцов закрепилась как более старая, с твёрдым суффиксом. Современные носители фамилии могут не знать точной причины, по которой предок получил такое прозвище, но сам корень «блажь» — от древнерусского «благъ» (хороший, добрый) — связывает фамилию с древними представлениями о счастье и благе, пусть и понимаемом по-разному.