Фамилия Блуднин — одна из тех, где прозвище предка напрямую рассказывает о его характере или судьбе. В её основе лежит древнерусское слово «блуд» и глагол «блудить». В современном языке у этого корня стойкое негативное значение, но в народной речи XV–XVII веков смысл был шире и не всегда осуждающим. «Блудить» означало прежде всего «шататься без дела, скитаться, плутать, сбиваться с пути». Поэтому Блуднёй (а форма Блудня — это ласкательный или уменьшительный вариант) могли прозвать человека непоседливого, склонного к праздности, того, кто не сидел на месте и не любил крестьянского труда.

Однако, как и во многих прозвищах, здесь возможна и другая, более жёсткая версия. В старообрядческой среде и в говорах северных губерний «блудным» называли вероотступника, раскольника, того, кто «совратился с пути истинного». В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком, порвавшим с церковной общиной, или за его потомками. В ряде говоров то же слово употребляли и по отношению к шалуну, баловнику или пакостнику — то есть к человеку, который досаждал окружающим не столько злом, сколько озорством.

Словообразовательная модель проста: от прозвища Блудня (или Блудный) с помощью патронимического суффикса -ин образована фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — то есть «сын Блудни». Это одна из самых распространённых моделей в русской антропонимии, характерная для северных и центральных областей России.

Географически фамилия Блуднин встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Основные очаги бытования — Вологодская, Архангельская и Кировская области. В этих краях слово «блуд» в значении «блуждание, потеря пути» было особенно употребительно из-за лесистой и болотистой местности: сбиться с дороги здесь было обычным делом, и прозвище могло закрепиться за человеком, который часто плутал, или за тем, кто водил людей неверной дорогой.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Блуднин — типичная «мирская» фамилия, возникшая в среде, где прозвище заменяло или дополняло церковное имя. Она не говорит о знатном происхождении: её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но массовое закрепление прозвищ в фамилии у крестьян произошло в XVIII–XIX веках, когда государство начало учитывать всех плательщиков податей.